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Le mauvais positionnement de l'Atlas semble avoir son origine avant la naissance, pendant la grossesse. Il semblerait que ce soit un phénomène d'épigénétique: quand les deux parents ont l'atlas bien positionné, l'enfant nait avec l'atlas bien positionné. Et inversement.
De plus, que le bébé naisse par les voies naturelles ou par césarienne, cela ne changera pas.
Lors d'un accouchement difficile (utilisation de ventouse ou de forceps) la mauvaise position de l'atlas peut encore empirer.
Quelques coups et bosses chez les enfants ou les adultes, sur la tête ou le dos ou le sacrum peuvent être une cause d'aggravation de la mauvaise position de l'Atlas.
Les accidents de la route avec coup du lapin font souvent beaucoup de dégats au niveau de la nuque. Si l'impact est assez violent, l'atlas peut subir une rotation ou un déplacement qui va provoquer de nombreux problèmes de santé.